Das Gewässer zwischen Rømø und Sylt spielt als Bindeglied zwischen der Nordsee und der Nordseeküste von Jütland schon seit dem Altertum eine große Rolle. Bei Havneby sind Spuren einer Hafenstruktur aus der Bronzezeit gefunden worden. Durch die mit der Zeit zunehmende Größe der Schiffe bekam der Kanal, der vom Lister- und Rømø Tief gebildet wird, eine wichtige Bedeutung, da er der einzige Zugang in der Umgebung war, durch den größere Schiffe einlaufen konnten. Die Gewässer um Rømø herum lagen im Windschutz und waren ideal zum Verankern.
1857 wurde der erste Direktor der dänischen Häfen gebeten, den besten Ort für einen Hafen an der jütischen Nordseeküste zu benennen. Er schlug vor einen Damm zu bauen, der das Festland mit der Insel Rømø verbinden sollte, und in der Nähe von Havneby einen Hafen anzulegen. Dänemark verlor in den 1860’er Jahren durch die Kriege jedoch zwischenzeitlich den südlichen Teil von Jütland, und daher wurde der Plan nicht ausgeführt. 1920 gewann Dänemark das verlorene Territorium zurück, und 1960 wurde endgültig beschlossen den Hafen von Rømø zu bauen. Vier Jahre später wurde der Hafen eingeweiht. Er wurde mit einer Kapazität für 40 Kutter gebaut, mit der Möglichkeit auf 120 Kutter zu erweitern. Ursprünglich war geplant Speisefische/Plattfische zu fangen, aber dies setzte sich nicht durch. Wenige Jahre später schlugen deutsche Fischer ihren dänischen Kollegen vor, es mit Nordseegarnelen zu versuchen. Auch heute noch sind es die Nordseegarnelen die gefangen werden, und die im Hafen von Rømø gelöscht werden.
1960 wurde ebenfalls eine Fährverbindung nach Sylt eröffnet, die zur Wirtschaft des Hafens von Rømø beitrug. Rømø Havn wurde ursprünglich als staatliches Eigentum gegründet. 2001 wurde er zu einem Hafen unter kommunaler Selbstverwaltung, im Besitz der Gemeinde Skærbæk – heute der Großgemeinde Tønder. Der Hafen wird von einem professionellen Vorstand verwaltet, der vom Gemeinderat ernannt wurde.